水質監(jiān)測方法主要是人工定期采樣和理化儀器監(jiān)測。前者是通過定期對不同水域進行采樣，在實驗室對各種成分進行理化分析，來判斷某一水域當前的水質。這種方法檢測時間長，檢測成本高。此外，當污染物濃度較低時，化學分析的準確性下降，難以實現(xiàn)在線連續(xù)監(jiān)測；后者一般選擇監(jiān)測點，在監(jiān)測點安裝PH值、濁度、余氯、耗氧量等常規(guī)監(jiān)測表，監(jiān)測數(shù)據(jù)將傳送至控制室。但是，在線水質儀器主要是進口設備。同類型儀器有多家廠家的產(chǎn)品。除不同廠家外，儀器的工作原理、響應范圍、靈敏度、穩(wěn)定性、適應環(huán)境等都不同。儀器儀表的選擇對于監(jiān)測預警系統(tǒng)能否正常運行具有重要意義。儀器操作較復雜，投資成本大。因此，理化儀器的監(jiān)測不能很好地反映水質狀況并及時預警。

由于上述兩種方法的局限性，人們嘗試利用水中的微生物來監(jiān)測水的污染程度。它最早出現(xiàn)在20世紀初。國外的一些國家對生物監(jiān)測的理論研究已經(jīng)相當成熟，生物監(jiān)測設備已經(jīng)商品化，應用于各種飲用水處理廠、水產(chǎn)養(yǎng)殖場、污水處理廠等取水口和（或）排水口，也用于環(huán)境監(jiān)控。

我國水質監(jiān)測長期以來一直采用人工取樣的方法進行實驗室分析。隨著國家對水污染的日益重視，自動監(jiān)測儀器和監(jiān)測系統(tǒng)在近幾年才開始研制和發(fā)展。